https://www.cphi.cn 2018-08-06 15:52 来源：富鲁达（上海）仪器科技有限公司
《Nature Biotechnology》：从上百种可能的抗原表位中快速筛选出有效部分
在轮状病毒**的研发过程中，由于只发现了两个抗原表位，导致**研发严重滞后。Nature Biotechnology上曾经发表一篇高效筛选抗原表位的研究成果，来自斯坦福的科学家利用Fluidigm公司的CYTOF质谱流式技术，结合组合肽-MHC四聚体染色方法开发出一种新的多参数高通量检测方法[ref 1]，由于质谱流式技术利用金属代替荧光基团作为标签，将单次检测通道扩大至几十甚至上百个，在此基础上，研究人员利用3元标签进行排列组合(利用10种标签中的3种进行排列组合，然后利用不同的组合标签标记不同的四聚体)，仅仅利用一管人血液样本，即对109种可能的抗原表位同时进行筛选，并且还同时分析了该样本中的23种和T细胞表型、功能相关的蛋白标志物。通过这一方法，科学家快速找到了6个HLA-A*0201限制性T细胞抗原表位，极大提高了单次筛选的效率和准确性。
事实上，不仅仅是轮状病毒**，在所有新**的研发中，有效抗原表位的稀缺和高效筛选一直是令科学家们愁眉不展的原因之一，特别是象肿瘤这种高度异质性、持续动态变化的疾病类型。
好在随着肿瘤免疫研究的深入及DNA测序技术的发展，在原有预防性**的基础上，科学家们不断开发出了治疗型的肿瘤个体化**，用于有效治疗黑色素瘤等重大疾病。来自美国波士顿Dana－Farber癌症中心和德国美因茨大学的两个研究团队同时在《自然》杂志上发表论文[ref2、3]，展示了针对肿瘤的"个性化**"临床试验，取得重大突破。
两个试验都是针对黑色素瘤，都是选取的3期或4期的中晚期患者，复发高危人群。结果让人欣喜，两个团队都显示，60%-70%的患者在接种**后，肿瘤没有复发，即使复发的患者，一部分在使用PD1免疫疗法后，肿瘤也再次消失！更重要的是，使用**的患者，体内针对癌细胞的特异免疫反应也大幅增强！
两个项目所采用的方法也有近似之处，首先对患者肿瘤组织样本进行取样测序，并分别使用自己独特的算法预测哪些突变最有可能引起免疫反应。然后分别开发出了以多肽片段和RNA为基础的**，并在晚期黑色素瘤3期或4期的中晚期复发高危人群身上展开了研究。
研究中两个小组不约而同的采用了一种高通量基因检测系统--Biomark HD系统。该系统可对多达96个患者样本、每个样本96个位点（96.96）进行同时检测，在4小时内实现近万个数据点的分析，并将每个反应控制在纳升(nl)级体系内。在上述两个研究中，其中一项用Biomark HD系统对正常和肿瘤组织中的95个SNP位点进行了基因分析检测，以确保样本的准确性；另一项研究中对接种**前、后，肿瘤样本中的免疫基因表达水平变化进行了细致分析，从细胞因子、信号转导、表型和代谢机理等多角度对**疗效进行综合评估（图1） 。
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