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1. 精细化工中的重要原料，是医药、农药、增塑剂、香料、染料的中间体，是合成树脂、橡胶中的聚合调节剂，也是用于合成新型造纸蒸煮助剂（二氢二羟基蒽醌钠，DDA）的重要原料。由于萘醌又具有良好的防腐性能和杀菌作用，所以是一种较好的防腐剂和杀菌剂，用于蒽醌生产。萘醌加氯反应生成的2,3-二氯萘醌，是一种重要的农用杀菌剂，用于防治小麦腥黑穗病、稻瘟病、马铃薯晚疫病和蔬菜幼苗的立枯病等。
2. 主要是作为亲二烯体通过Diels-Alder环加成反应用于制备各种芳香环化合物，还可以实现胺化
