甲氨蝶呤具有广谱抗肿瘤活性，可单独应用或与其它化疗药物联合使用。具体适应症如下：
1.抗肿瘤治疗，单独使用：乳腺癌，妊娠性绒毛膜癌，恶性葡萄胎或葡萄胎。
2.抗肿瘤治疗，联合使用：急性白血病(特别是急性淋巴细胞性白血病或急性髓细胞性白血病)，Burkitts淋巴瘤，晚期淋巴肉瘤(III和IV期，Peter氏阶段系统)和晚期蕈样霉菌病。
3.鞘内注射：治疗中枢神经系统转移癌(只能使用等渗制剂)。
4.大剂量治疗：大剂量甲氨蝶呤单独应用或与其它化疗药物联合应用治疗下列肿瘤：成骨肉瘤、急性白血病、支气管肺癌或头颈部上皮癌。大剂量甲氨蝶呤应用时, 必须应用亚叶酸进行解救。亚叶酸是四氢叶酸酯的衍生物，可与甲氨蝶呤竞争进入细胞内。这种“亚叶酸解救”可在大剂量甲氨蝶呤应用时保护正常组织细胞免受损害。
5.银屑病化疗：甲氨蝶呤可用于治疗严重、已钙化性、对常规疗法不敏感的致残性银屑病。但因使用时有较大危险，应在经过活检及皮肤科医生确诊后使用。
