在一项新的研究中，来自美国斯克里普斯研究所等研究机构的研究人员他们研究了在COVID-19大流行的不同阶段，不同的强制措施---包括呆在家中、保持社交距离和旅行限制---在防止本地和区域传播方面的功效，并指出哪些公共卫生措施有效地缓解了COVID-19的传播，哪些无效。相关研究结果于2023年12月14日在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Genomic surveillance reveals dynamic shifts in the connectivity of COVID-19 epidemics”。

       这些作者发现，本地传播是由地点之间的旅行量驱动的，而不是由地点之间的地理距离驱动的。他们还发现，部分关闭美墨边境并不能有效防止这种病毒的跨境传播。这些发现与正在进行的基因组监测相结合，有助于指导公共卫生政策，预防未来的流行病，缓解 COVID-19 的新“流行”阶段。

       论文共同通讯作者、斯克里普斯研究所Kristian Andersen实验室的项目科学家兼基因组流行病学家Mark Zeller博士说，“我们的研究表明，这并不一定是地理位置有多接近；真正的衡量标准是两个地点在人员流动方面有多大的联系。一般来说，SARS-CoV-2可能是呼吸道病毒传播的良好模式，了解这些病毒的传播方式有助于我们为未来的大流行病制定有针对性的措施。”

       圣地亚哥县流行病学和免疫服务处医疗主任 Seema Shah 医学博士说，“这些宝贵的信息有助于指导减轻未来病毒威胁传播的策略，包括我们正在进行的基因组监测方法，如废水检测。在全球挑战需要联合应对的时代，这项新研究也证明了学术研究机构与边境两侧的公共卫生实验室和医院之间的紧密合作。”

       为了解释旅行模式的变化如何影响 COVID-19 在大流行头两年的传播，这些作者定量确定了在不同地点和时间点收集到的病毒序列之间的遗传相似性。Zeller说，“两个不同地点的病毒基因组越相似，这些地点在人员流动方面的联系就越紧密。”

       这些作者对来自美国加州圣地亚哥市和墨西哥下加利福尼亚州的 82000 多份 SARS-CoV-2 样本进行了测序，并将这些序列与来自北美和世界其他地区的 SARS-CoV-2 基因组进行了比较。然后，他们将这些基因组数据与空中和陆地旅行数据（基于匿名手机追踪）数据库进行整合，以估算北美不同县之间的连通性。

       在大流行病的早期阶段，针对COVID-19 的规定包括严格的居家和社交距离措施，因此传播主要发生在本地和区域层面---邻县内部和邻县之间。但随着这些规定的放宽，人们开始更自由地旅行，可以预见的是，来自远方的传播增加了。

       图片来自Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2023.11.024。

       论文第一作者Nathaniel Matteson博士说，“在整个大流行的头两年里，邻县之间的流动性几乎保持不变，但正是这些从圣地亚哥到更遥远的县或邻近州的长途流动真正打乱了这些早期的规定。在规定放宽后，圣地亚哥流行的病毒中约有 50%是当地流行的病毒，还有 50%是最近通过不同地点之间的旅行传播进来的。”

       他们的分析还显示，在整个大流行期间，圣地亚哥和附近的下加利福尼亚州之间一直存在病毒传播，这表明部分关闭美墨边境并不能有效防止病毒传播。

       Matteson说，“这一发现为越来越多的证据增添了新的内容，这些试图阻止来自某一特定地点的人流的有针对性的措施效果很差，而保持社交距离在减少传播方面则有效得多。这也凸显了区域和国际合作以及资源共享对于有效监测和预防疾病的重要性。”

       接下来，这些作者计划以更精细的尺度研究传播动态。Zeller说，“如今，我们正在研究圣地亚哥县内的超本地传播---例如，传播如何受到通勤模式等因素的影响。”